Parte integrante della Direttiva Habitat è la conservazione delle specie che a livello europeo sono a rischio, rare o endemiche.

Negli allegati della Direttiva Habitat sono elencati le specie di interesse comunitario. Per la loro conservazione e protezione gli Stati membri devono 

• designare specifici siti (Siti di Importanza Comunitaria) per le specie elencate nell'allegato II della Direttiva;
• adottare provvedimenti necessari ad istituire un regime di rigorosa tutela delle specie animali di cui all'allegato IV;
• adottare misure per le specie della fauna e della flora selvatica elencati nell'allegato V.
  Prelievo nell'ambiente naturale e sfruttamento devono essere compatibili con il mantenimento di uno stato di conservazione soddisfacente.

Le specie prioritarie sono contrassegnate da un asterisco (*) nell'allegato II. Per la loro conservazione gli Stati membri hanno una responsabilità particolare.

Per le specie elencate nell’allegato I della Direttiva Uccelli sono previste misure speciali di conservazione per quanto riguarda l’habitat.  Sono volte a garantire la sopravvivenza e la riproduzione di dette specie nella loro area di distribuzione.
Per le specie migratrici non menzionate all’allegato I che ritornano regolarmente, gli Stati membri adottano misure. Queste riguardano le aree di riproduzione, di muta e di svernamento. Inoltre interessano le zone in cui si trovano le stazioni lungo le rotte di migrazione.

Le misure di tutela devono essere anche adottate fuori dai siti Natura 2000. L'obiettivo è di evitare e prevenire qualsiasi pericolo e deterioramento dello stato di conservazione delle specie.

Qui di seguito una panoramica delle specie Natura 2000 in Alto Adige.