Il Consiglio di Amministrazione è composto dal legale rappresentante di ciascun Socio fondatore o da un suo delegato che rappresenti, eventualmente anche in ragione dell’incarico istituzionale, i territori montani sui quali insiste il Bene Dolomiti. I consiglieri durano in carica per il periodo in cui ricoprono la carica, o rispettivamente l’incarico, nell'Ente di appartenenza. Tra di essi il Consiglio di Amministrazione nomina il Presidente.

Al Consiglio di Amministrazione spettano tutti i poteri per la gestione ordinaria e straordinaria della Fondazione. . 

Il rappresentante della Provincia autonoma di Bolzano - Alto Adige è l'Assessore in carica competente per la Ripartizione 28 Natura, paesaggio e sviluppo del territorio.

Il Presidente del Consiglio di Amministrazione è nominato a rotazione tra i propri componenti, osservando l'ordine alfabetico espressivo dei territori montani sui quali insiste il Bene Dolomiti UNESCO: Belluno, Bolzano, Pordenone, Trento e Udine. Dura in carica tre anni.

In qualità di legale rappresentante della Fondazione, il Presidente firma i contratti e gli atti della Fondazione e ne dispone i pagamenti. Ha inoltre la supervisione generale dell'amministrazione e, insieme al Direttore, è responsabile della corretta esecuzione delle delibere del Consiglio di amministrazione.

I Soci fondatori nominano almeno uno e non più di tre revisori. Anche questi ultimi restano in carica per tre anni. Il loro compito è quello di verificare  l’attività di amministrazione della Fondazione e di redigere una relazione sul bilancio preventivo e sul bilancio annuale. Inoltre, consigliano il Consiglio di amministrazione sulle questioni finanziarie.

Il Collegio dei Sostenitori è composto dai Soci fondatori e da tutti i soggetti che, con l’approvazione del Consiglio di Amministrazione della Fondazione, ricevono la qualifica di Sostenitore, siano essi persone fisiche o giuridiche, pubbliche o private. L’adesione al Collegio dei Sostenitori prevede il conferimento annuale di una quota di adesione, mediante apporti in denaro o in natura attraverso la messa a disposizione di servizi e/o prestazioni professionali. 

Il Collegio dei Sostenitori ha l'obiettivo di coinvolgere la popolazione. Il Presidente della Fondazione lo convoca almeno una volta all'anno per fornire informazioni e promuovere il confronto su questioni relative alle Dolomiti Patrimonio Mondiale UNESCO. Ulteriori informazioni e il modulo per richiedere l'adesione al Collegio dei Sostenitori sono disponibili sul sito della Fondazione Dolomiti UNESCO.

Il Comitato Scientifico è nominato dal Consiglio di Amministrazione ed è composto da un minimo di tre ad un massimo di cinque componenti. Dura in carica tre anni. 

Fornisce consulenza su questioni tecniche e scientifiche ed elabora pareri su argomenti e questioni che rientrano nelle competenze della Fondazione. 

Il Direttore della Fondazione è nominato dal Consiglio di amministrazione per un periodo di tre anni. Lavora presso il Segretariato della Fondazione e dispone di personale. Il Direttore è responsabile dell'attuazione delle linee guida e degli obiettivi stabiliti per la Fondazione dal Consiglio di amministrazione.

Il Comitato tecnico è un organo informale della Fondazione ed è composto dai rappresentanti tecnici delle amministrazioni dei Soci fondatori. Fornisce consulenza al Consiglio di amministrazione su tutte le decisioni. 

I suoi componenti sono l'anello di congiunzione tra amministrazione e politica, sono rappresentati nelle reti funzionali della Fondazione e coordinano le questioni relative alle Dolomiti Patrimonio Mondiale UNESCO nel proprio territorio.

In Alto Adige i tecnici responsabili delle Dolomiti Patrimonio Mondiale UNESCO nella Ripartizione Natura, paesaggio e sviluppo del territorio sono membri del Comitato Tecnico.

Sul sito della Fondazione Dolomiti UNESCO si trovano le informazioni sul logo Dolomiti Patrimonio Mondiale UNESCO e sulle modalità di utilizzo.

La Strategia complessiva di gestione delle Dolomiti Patrimonio Mondiale UNESCO è stata redatta all'inizio del 2016. Essa comprende anche la Strategia per il turismo. La loro elaborazione era una delle richieste del Comitato del Patrimonio Mondiale per l'iscrizione delle Dolomiti nella Lista del Patrimonio Mondiale nel 2009.

La Strategia complessiva di gestione è la base per lo sviluppo futuro delle Dolomiti Patrimonio Mondiale ed è stata approvata in Alto Adige con delibera della Giunta provinciale.

La Strategia include i risultati di vari studi di riferimento.

Nell'estate del 2015 si sono tenuti undici incontri in tutta l'area del Patrimonio Mondiale, affinché i rappresentanti delle amministrazioni provinciali, dei comuni, del settore turistico, dell'agricoltura, delle associazioni alpinistiche, di tutela ambientale e di altri soggetti potessero contribuire con le loro idee e i loro suggerimenti. I risultati del processo partecipativo "#Dolomiti2040" sono stati integrati nella strategia.

La Strategia complessiva di gestione definisce la visione comune, a cui insieme stiamo lavorando:

"Una comunità consapevole degli eccezionali valori universali[delle Dolomiti Patrimonio Mondiale UNESCO] e impegnata nella loro trasmissione alle generazioni future. Un patrimonio comune rispetto al quale tutti - residenti e visitatori - condividono la responsabilità della conservazione e dello sviluppo sostenibile.

Ci si prefigge di raggiungere questo obiettivo sulla base dei quattro temi chiave "patrimonio", "esperienza", "comunità" e "sistema". A ciascun tema chiave sono assegnati obiettivi specifici e linee strategiche. Per le linee strategiche sono elencate misure specifiche.

La Strategia complessiva di gestione è un processo dinamico: le misure future che sono in linea con gli obiettivi e le linee strategiche della strategia sono incorporate su base continua.